העמותה למען מדע מוסרי אינה נאבקת רק על חשיפת מידע. לפנינו דוגמאות למאבקים נוספים:
- בשנת 2002 עתרה העמותה לבג"ץ נגד ניסויים שנערכו בקופים באוניברסיטה העברית, כפי שנחשף, בתיעוד מצלמה נסתרת שהעיד לכאורה על הפרת החוק (בג"צ 5711/02, העמותה למען מדע מוסרי נ' המועצה לניסויים בבעלי חיים). בעקבות העתירה הוקמה במועצה לניסויים בבעלי חיים ועדת ביקורת, כדרישת החוק, ובחינת הניסוי הועברה לבחינתה.
- בשנת 2004 עתרנו נגד כוונת המשרד להגנת הסביבה להתיר לחוות מזור, שגידלה קופים למטרות ניסויים, לייבא קופים נוספים ממאוריציוס. בעתירה טענו כי הדבר המנוגד לחוק להגנת חיית הבר ולאמנה הבינלאומית להסדרת הסחר בחיות, שישראל חתומה עליה. בית המשפט דחה את העתירה, כמו גם עתירות נוספות שהוגשו בעניין, וקבע כי ייבוא הקופים נעשה באישור הרשות האחראית על יישום האמנה במאוריציוס וכי מטרת הייבוא היא רבייה בלבד וכי הם לא ישמשו למסחר.
- בשנת 2006 דחה בית משפט השלום בכפר סבא קובלנת לשון הרע שהגיש ד"ר משה בושמיץ, מבעלי חוות מזור, נגד איילת סלעי-רייז, מנכ"לית העמותה, ונגד האגודה נגד ניסויים בבעלי חיים, בגין פרסומים שונים שהפיצו. הפרסומים נגעו לתנאי החזקת הקופים בחווה, לעצם גידולם בחווה למטרות מחקר ולניגוד העניינים של ד"ר בושמיץ, שהועסק במקביל כווטרינר העירוני של הוד השרון. בהכרעת הדין נקבע בין השאר כי לזכותן של סלעי-רייז והאגודה שמורות הגנות תום הלב והאמת בפרסום. בין השאר שכנע צוות ההגנה את השופטת, כפי שכתבה בהכרעת הדין, כי ד"ר בושמיץ "מתייחס לקופים כאל ענף ייצוא" וכי "הגישה לחווה חסומה ולא מותרת לפיקוח נאות", כפי שנטען בחלק מהפרסומים.
- בשנת 2008 קיימנו קמפיין ציבורי, ביחד עם ארגונים נוספים, נגד הודעת המועצה כי תשלב בפיקוח על ניסויים בבעלי חיים נציגים של עמותה העוסקת בקידומם. בעקבות הקמפיין הודיעה המועצה על ביטול ההסדר.
- בשנת 2011 הגישו אוניברסיטאות ישראליות תביעה אזרחית נגד חברת התעופה אל-על בדרישה שיטיסו קופים ובעלי חיים נוספים לצורך ניסויים, לאחר שבשנת 2010 התחייבה החברה שלא להוביל בעלי חיים לניסויים. במסגרת הליך זה, צורפנו ביחד עם עמותות נוספות כנתבעים כדי לייצג בו את טובת בעלי החיים. בשנת 2013 ויתרו האוניברסיטאות על הדרישה לחייב את החברה להטיס בעלי חיים והתביעה נמחקה בהסכמה.