העמותה למען מדע מוסרי פועלת מתוך ההכרה שיש זכויות לבעלי החיים וכי על בני האדם לכבד ולהגן על זכויות אלה. באופן מיוחד פועלת העמותה בכל הקשור להגנה על בעלי חיים בתחום הניסויים בבעלי חיים.
העמותה למען מדע מוסרי פועלת לחינוך לאחריות מוסרית כלפי בעלי חיים, בין היתר בקרב המוסדות להשכלה גבוהה, סטודנטים במקצועות המדע, ואנשי מחקר ואקדמיה.
העמותה למען מדע מוסרי פועלת להגברת המודעות הציבורית לסבלם של בעלי החיים המשמשים לניסויים.
העמותה למען מדע מוסרי מתמקדת בפעילות מדעית, משפטית, ציבורית וחינוכית, להוביל את השימוש בחלופות לניסויים בבעלי חיים. העמותה פועלת לאימוץ השימוש בחלופות אשר מוכרות בעולם ולפיתוח חלופות בעולם.
העמותה למען מדע מוסרי פועלת להגברת הפיקוח על הניסויים בבעלי חיים, לאכיפת חוקי צער בעלי חיים וליצירת שקיפות לציבור בכל הנוגע לאכיפת חוקי צער בעלי חיים.